Я никогда не работал с USB-накопителями, однако знаю немного теории про флешки. Впрочем, думаю, что card-reader для системы - то же самое.
В зависимости от того, что ещё подключено к шине USB, устройство, соответствующее накопителю, будет называться /dev/sda, /dev/sdb, /dev/sdc... Отдельные логические диски должны называться так же, но с добавлением номера: /dev/sdb1, /dev/sdb2... Мне кажется, что на картах должна быть своя собственная файловая система, и ext2 / ext3 вряд ли подойдут. Но впрочем, можно попробовать. Для разбиения обычных дисков используется утилита fdisk, на удивление гибкая по сравнению с майкрософтским аналогом. Можно попробовать запустить её так:
fdisk /dev/sdb
Если она запустится, в чём я сомневаюсь, то дальше можно издеваться над карточкой. Подробные инструкции должны быть в руководстве по fdisk.
После создания разделов нужно создать файловую систему на каждом:
mkfs.ext3 /dev/sdb1
mkfs.ext3 /dev/sdb2
...
Если будет жаловаться, что команда не найдена, попробуйте полный путь: /sbin/fdisk, /sbin/mkfs.ext3.
Ещё раз повторюсь, что это работает с жёсткими дисками, а насчёт карточек не уверен. Пожалуйста, сообщите, чем это всё закончится. Мне и самому интересно.